Rabu, 09 April 2014

Apa sih BioInformatika ituh??


Pengertian bioinformatika Bioinformatika berasal dari kata bioinformatics (inggris) yakni ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. 


Bionformatika sendiri merupakan ilmu yang lahiir dari perkembangan biologi molecular modern yang merupakan salah satu bentuk peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA. Bidang bioinformatika mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah biologis, penyejajaran sekuens, prediksi struktur protein, analisis filogenetik, analisis ekspresi gen, sampai struktur sekunder RNA.  


Sejarah perkembangan bioinformatika Istilah bioinformatics mulai dikemukakan pada pertengahan era 1980-an untuk mengacu pada penerapan komputer dalam biologi. Namun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika (seperti pembuatan basis data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologis) sudah dilakukan sejak tahun 1960-an. Kemajuan teknik biologi molekular dalam mengungkap sekuens biologis dari protein (sejak awal 1950-an) dan asam nukleat (sejak 1960-an) mengawali perkembangan basis data dan teknik analisis sekuens biologis. Basis data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960-an di Amerika Serikat, sementara basis data sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970-an di Amerika Serikat dan Jerman (padaEuropean Molecular Biology Laboratory  , Laboratorium Biologi Molekular Eropa). Penemuan teknik sekuensing DNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970-an menjadi landasan terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang berhasil diungkapkan pada 1980-an dan 1990-an, menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom, meningkatkan kebutuhan akan pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika. 


Bidang-bidang terkait bioinformatika Biophysics Biologi molekul sendiri merupakan pengembangan yang lahir dari biophysics. 


Biophysics adalah sebuah bidang yang mengaplikasikan teknik- teknik dari ilmu Fisika untuk memahami struktur dan fungsi biologi (British Biophysical Society ). Sesuai dengan definisi tersebut, bidang ini merupakan suatu bidang yang luas. Namun secara langsung disiplin ilmu ini terkait dengan Bioinformatika karena penggunaan teknik-teknik dari ilmu Fisika untuk memahami struktur. 


Computational Biology Computational biology merupakan bagian dari Bioinformatika (dalam arti yang paling luas) yang paling dekat dengan bidang Biologi umum klasik. Fokus dari computational biology adalah gerak evolusi, populasi, dan biologi teoritis daripada biomedis dalam molekul dan sel. Tak dapat  dielakkan bahwa Biologi Molekul cukup penting dalam computational biology, namun itu bukanlah inti dari disiplin ilmu ini. Pada penerapan computational biology, model-model statistika untuk fenomena biologi lebih disukai dipakai dibandingkan dengan model sebenarnya. Dalam beberapa hal cara tersebut cukup baik mengingat pada kasus tertentu eksperimen langsung pada fenomena biologi cukup sulit. Tidak semua dari computational biology merupakan Bioinformatika, seperti contohnya Model Matematika bukan merupakan Bioinformatika, bahkan meskipun dikaitkan dengan masalah biologi. 


Medical Informatics Medical informatics lebih memperhatikan struktur dan algoritma untuk pengolahan data medis, dibandingkan dengan data itu sendiri. Disiplin ilmu ini, untuk alasan praktis, kemungkinan besar berkaitan dengan data data yang didapatkan pada level biologi yang lebih “rumit”yaitu informasi dari sistem-sistem superselular, tepat pada level populasidi mana sebagian besar dari Bioinformatika lebih memperhatikan informasi dari sistem dan struktur biomolekul dan selular. 


Cheminformatics Cheminformatics adalah kombinasi dari sintesis kimia, penyaringan biologis, dan pendekatan data-mining yang digunakan untuk penemuan dan pengembangan obat ( Cambridge HealthechInstitute’s Sixth Annual Cheminformatics conference ). Pengertian disiplin ilmu yang disebutkan di atas lebih merupakan identifikasi dari salah satu aktivitas yang paling populer dibandingkan dengan berbagai bidang studi yang mungkin ada di bawah bidang ini. Salah satu contoh penemuan obat yang paling sukses sepanjang sejarah adalah penisilin, dapat menggambarkan cara untuk menemukan dan mengembangkan obat-obatan hingga sekarang meskipun terlihat aneh. Cara untuk menemukan dan mengembangkan obat adalah hasil dari kesempatan, observasi, dan banyak proses kimia yang intensif dan lambat. Sampai beberapa waktu yang lalu, desain obat dianggap harus selalu menggunakan kerja yang intensif, proses uji dan gagal (trial-error process). Ruang lingkup pembelajaran dari cheminformatics ini sangat luas. Contoh bidang minatnya antara lain: Synthesis Planning, Reaction and Structure Retrieval, 3-D Structure Retrieval, Modelling, Computational Chemistry, Visualisation Tools and Utilities. 


Genomics Genomics adalah bidang ilmu yang ada sebelum selesainya sekuen genom, kecuali dalam bentuk yang paling kasar. Genomics adalah setiap usaha untuk menganalisa atau membandingkan seluruh komplemen genetik dari satu spesies atau lebih. Secara logis tentu saja mungkin untuk membandingkan genom-genom dengan membandingkan kurang lebih suatu himpunan bagian dari gen di dalam genom.

Sumber : http://www.academia.edu/5353692/BIOINFORMATIKA_PROTEIN

Revolusi(generasi) nya Komputer dari waktu ke waktu

Komputer pertama kali ditemukan oleh Charles Babbage, kecerdasannya logika matematikanya yang sangat sepesial membuatnya mampu menciptakan sebuah mesin yang dia sebut dengan nama Analytical Engine pada tahun 1882, sebuah mesin yang berfungsi sebagai alat perhitungan-perhitungan umum.Beberapa tahun kemudian munculah John V. Atanasoff dengan komputer rancangannya Atanasoff-Berry Computer (ABC) pada tahun 1937 yang kemudian dianggap resmi menjadi komputer elektronik pertama. Selang beberapa tahun kemudian munculah ENIAC ( Electronic Numerical Integrator and Computer) yang di perkenalkan oleh John Mauchly dan J. Presper Eckert. Tetapi komponen yang digunakan pada komputer – komputersebutter  tidak sama dengan komponen-komponen yang digunakan pada komputer sekarang ini.Dari masa ke masa selalu saja menusia menemukan sesuatu yang baru dan lebih baik, begitu juga halnya dengan penemuan peralatan komputer. Kemajuan-kemajuan yang dicapai manusia telah mengubah bentuk dan efesien kerja dari komputer – komputer tersebut bisa  terbagi menjadi empat generasi komputer, yaitu dari sejarah komputer generasi pertama sampai dengan sejarah komputer generasi keempat.


Komputer Generasi Pertama

Awal mulanya komputer pada generasi pertama ini adalah saat terjadi perang dunia kedua, negara-negara yang ikut terlibat dalam perang dunia itu berusaha mengembangkan komputer untuk memaksimalkan kemampuan dalam mengatur strategis yang dimiliki oleh komputer. Tahun 1941, seorang insinyur Jerman bernama Konrad Zuse membangun sebuah komputer, Z3, untuk mendisain pesawat terbang dan juga peluru kendali. Pada tahun 1943, pihak Inggris berhasil menyelesaikan sebuah komputer pemecah kode rahasia yang diberi namakan Colossus yang berfungsi untuk memecahkan kode rahasia yang digunakan oleh negara Jerman. Efek dari pembuatan Colossus sebenarnya tidak banyak mempengaruhi perkembangan industri komputer, hal itu bisa terjadi karena ada dua alasan yaitu ; yang pertama, colossus adalah bukan komputer serbaguna dalam bahasa inggrisnya “general purpose computer”, ia dibuat hanya agar bisa memecahkan kode rahasia. Yang kedua, keberadaan mesin ini dijaga kerahasiaannya hingga satu dekade setelah perang selesai.Usaha yang dilakukan oleh pihak Amerika adalah menghasilkan suatu kemajuan lain jika dibandingkan dengan sekutu. Seorang insinyur Harvard yang bernama Howard H. Aiken (1900-1973) bekerja sama dengan IBM, berhasil menghasilkan kalkulator elektronik untuk US Navy. Kalkulator itu berukuran sangat besar, yaitu dengan panjang setengah lapangan sepak bola dan juga memiliki rentang kabel sepanjang 500 mil (besar sekali bukan). Komputer itu adalah ; The Harvd-IBM Automatic Sequence Controlled Calculator, atau Mark I, merupakan komputer relai elektronik. Mark I menggunakan sinyal elektromagnetik untuk menggerakkan komponen mekanik. Mark I beropreasi dengan lambat, ia memerlukan waktu 3-5 detik untuk setiap perhitungan dan tidak fleksibel yaitu urutan kalkulasinya tidak dapat diubah. Mark I tersebut dapat melakukan perhitungan aritmatik dasar dan persamaan yang lebih kompleks.Perkembangan komputer lain pada masa itu adalah Electronic Numerical Integrator and Computer singkatannya adalah ENIAC, dirancang oleh John Presper Eckert [1919-1995] dan John W. Mauchly [1907-1980], yang diciptakan berkat kerjasama antara pemerintah Amerika Serikat dan University of Pennsylvania. Komputer ENIAC terdiri dari 18.000 tabung vakum, 70.000 resistor, dan 5 juta titik solder, komputer ENIAC merupakan komputer yang sangat besar ia membutuhkan daya sebesar 160kW. ENIAC merupakan komputer serbaguna [general purpose computer] yang mampu bekerja 1000 kali lebih cepat jika dibandingkan dengan komputer Mark I. Pada pertengahan tahun 1940-an, John von Neumann [1903-1957] bergabung dengan tim University of Pennsylvania dalam usaha menciptakan konsep disain komputer yang sampai 40 tahun yang akan datang masih dapat digunakan dalam teknik komputer. Von Neumann mendesain Electronic Discrete Variable Automatic Computer [EDVAC] pada tahun 1945 dengan sebuah memori untuk menampung baik program ataupun data. Cara ini memungkinkan komputer dapat berhenti pada suatu saat dan kemudian melanjutkan pekerjaannya lagi. Kunci utama arsitektur von Neumann adalah unit pemrosesan sentral (CPU), yang memungkinkan seluruh fungsi komputer untuk dikoordinasikan melalui satu sumber tunggal. Pada tahun 1951, UNIVAC I atau kepanjangannya adalah Universal Automatic Computer I yang dibuat oleh Remington Rand, menjadi komputer komersial pertama yang memanfaatkan model arsitektur von Neumann itu. Badan Sensus Amerika Serikat dan General Electric memiliki UNIVAC. Salah satu hasil yang sangat mengesankan yang dicapai oleh UNIVAC adalah pada saat berhasil memprediksi kemenangan Dwilight D. Eisenhower dalam pemilihan presiden pada Tahun 1952. Setiap komputer generasi pertama memiliki ciri yaitu Komponen elektronikanya dari Tabung Hampa (Vacuum Tube), program kode-biner yang berbeda yang disebut dengan “bahasa mesin” dalam bahasa inggrisnya adalah “machine language” dengan menggunakan kode 0 dan 1 dalam urutan tertentu. Komputer generasi ini membutuhkan tempat yang luas dan memerlukan banyak pendingin (AC) karena banyak mengeluarkan panas.  Mesin Von Neumman


Komputer Generasi Kedua


Tahun 1948, penemuan transistor sangat berpengaruh terhadap perkembangan komputer masa itu. Transistor menggantikan tube vakum di televisi, radio, dan komputer. Sehingga mengakibatkan, berubahnya ukuran mesin-mesin elektrik yang tadinya berukuran besar menjadi ukuran yang lebih kecil.Transistor mulai dipakai dalam teknologi komputer dimulai pada tahun 1956. Penemuan lain yang berupa pengembangan memori inti-magnetik membantu pengembangan komputer generasi kedua yang lebih kecil, lebih cepat, lebih bisa diandalkan, dan lebih hemat energi dibanding para pendahulu sebelumnya. Mesin pertama yang dapat memanfaatkan teknologi baru ini adalah superkomputer. IBM menciptakan superkomputer bernama Stretch, dan Sprery-Rand membuat komputer bernama LARC. Komputer ini, yang dikembangkan untuk laboratorium energi atom, dapat menangani sejumlah data yang besar, sebuah kemampuan yang sangat dibutuhkan oleh peneliti atom. Mesin komputer LARC itu sangat mahal dan cenderung terlalu kompleks untuk kebutuhan komputasi bisnis, sehingga kepopulerannya menjadi terbatas. Hanya ada dua LARC yang pernah dipasang dan digunakan ; yaitu satu di Lawrence Radiation Labs di Livermore, California, dan yang lainnya ada di US Navy Research and Development Center di Washington D.C. Komputer generasi kedua ini telah menggantikan bahasa mesin dengan bahasa assembly. Bahasa assembly adalah bahasa yang menggunakan singkatan-singakatan untuk menggantikan kode biner. Kemudian pada awal tahun 1960-an, mulailah bermunculan komputer generasi kedua yang sukses di bidang bisnis, di universitas, dan di pemerintahan. Komputer-komputer generasi kedua ini merupakan komputer yang sepenuhnya telah menggunakan transistor. Mereka juga memiliki komponen-komponen yang dapat diasosiasikan dengan komputer pada saat ini: printer, penyimpanan dalam disket, memory, sistem operasi, dan program. Sebagai salah satu contoh penting komputer pada masa ini adalah IBM 1401 yang diterima secara luas di kalangan industri. Pada tahun 1965, hampir seluruh bisnis-bisnis besar memakai komputer generasi kedua sebagai alat untuk memproses informasi keuangan perusahaan.Program yang tersimpan di dalam komputer dan bahasa pemrograman yang ada di dalamnya memberikan fleksibilitas kepada komputer. Fleksibilitas ini meningkatkan kinerja komputer dengan harga yang pantas bagi penggunaan komputer untuk bisnis. Dengan konsep ini, komputer dapat mencetak faktur pembelian konsumen dan kemudian menjalankan desain produk atau menghitung daftar gaji. Beberapa bahasa pemrograman mulai bermunculan pada saat itu. Bahasa pemrograman Common Business-Oriented Language disingkat COBOL dan Formula Translator disingkat FORTRAN, telah mulai umum digunakan. Bahasa pemrograman ini menggantikan kode mesin yang rumit dengan kata-kata, kalimat, dan formula matematika yang lebih mudah dipahami oleh manusia. Hal ini memudahkan seseorang untuk memprogram dan mengatur komputer. kemudian muncullah Berbagai macam karir baru di bidang komputer seperti programmer, analyst, teknisi komputer dan lain-lain. Industri perangkat lunak pun juga mulai bermunculan dan berkembang pada generasi kedua komputer ini.
Komputer Generasi Ketiga


Komputer generasi ketiga merupakan perkembangan yang paling pesat dari perkembangan komputer yang ada. Komputer generasi ketiga muncul sejak era 1965-1971-an. Meskipun transistor dalam banyak hal memiliki kemampuan yang melebihi tube vakum, tapi transistor terlalu besar dalam menghasilkan panas, yang berpotensi bisa merusak bagian-bagian dalam komputer. Transistor yang dianggap tidak effisien lagi membuat manusia mencari solusi lain dan solusi itu di temukan pada batu kuarsa ( Quartz rock ) untuk menghilangkan masalah. Seorang insinyur di Texas Instrument, bernama Jack Kilby mengembangkan sirkuit terintegrasi (IC : integrated circuit) di tahun 1958. IC dapat mengkombinasikan tiga komponen elektronik dalam sebuah piringan silikon yang kecil terbuat dari pasir kuarsa. kemudian para ilmuwan berhasil memasukkan lebih banyak komponen-komponen ke dalam suatu chip tunggal yang dinamakan semikonduktor.Sehingga menghasilkan sebuah komputer yang semakin kecil karena komponen yang ada di dalamnya dapat dipadatkan dalam chip. Kemajuan komputer generasi ketiga yang lain adalah penggunaan sistem operasi atau dalam bahasa inggrisnya operating system, yaitu suatu sistem yang memungkinkan mesin dapat menjalankan berbagai program yang berbeda secara bersamaan dengan sebuah program utama yang mengawasi atau memonitor dan mengkoordinasi memori mesin komputer.  

Komputer Generasi Keempat


Pengembangan komputer menjadi lebih jelas yaitu mengecilkan ukuran sirkuit dan komponen-komponen elektronik. Large Scale Integration atau LSI dapat memuat ratusan komponen dalam satu chip. Kemudian tahun 1980-an, Very Large Scale Integration atau VLSI memuat ribuan komponen dalam satu chip tunggal.ULSI atau yang disebut dengan Ultra-Large Scale Integration mampu meningkatkan jumlah tersebut menjadi jutaan. Kemampuan untuk memasang banyak komponen dalam satu keping yang berukuran setengah keping uang logam mendorong turunnya harga dan ukuran komputer. Hal itu ternyata juga mampu meningkatkan daya kerja, efisiensi dan kehandalan komputer. Chip Intel 4004 yang telah dibuat pada tahun 1971 membawa dampak kemajuan terhadap IC dengan meletakkan seluruh komponen dari sebuah komputer (yaitu central processing unit, memori, dan kendali input/output) dalam sebuah chip yang sangat kecil. Sebelum itu, IC dibuat untuk mengerjakan suatu tugas tertentu yang bersifat spesifik. dan Sekarang, sebuah mikroprosesor dapat diciptakan dan kemudian diprogram untuk memenuhi semua kebutuhan yang diinginkan. Tidak lama setelah itu, setiap perangkat rumah tangga seperti microwave oven, televisi, dan juga mobil dengan electronic fuel injection, semuanya dilengkapi dengan alat yang disebut mikroprosesor.Pada pertengahan tahun 1970-an, perakit komputer menawarkan hasil ciptaan komputer mereka ke masyarakat umum. Komputer-komputer itu, yang disebut dengan mini komputer, mini komputer itu dijual dengan paket perangkat lunak atau software yang mudah untuk digunakan oleh kalangan awam. Perangkat lunak atau software yang paling populer pada masa itu adalah program word processing dan spreadsheet.Kemudian pada tahun 1981, IBM mencoba mengenalkan penggunaan mesin komputer yang disebut dengan Personal Computer (PC) untuk penggunaan di rumah, kantor, dan sekolah. PAda tahun 1981 penggunaan Personal kumputer hanya 2 juta unit kemudian pada tahun 1981 lelonjak naik menjadi 5,5 juta unit. Lalu sepuluh tahun kemudian, PC sebanyak 65 juta telah digunakan. Komputer melanjutkan evolusinya menuju ukuran yang lebih kecil, dari komputer yang berada di atas meja yang biasa disebut dengan desktop computer, menjadi komputer yang dapat dimasukkan ke dalam tas atau disebut dengan laptop, atau bahkan komputer yang dapat digenggam yaitu palm top.Karena komputer telah mampu menjadi ladang bisnis yang cerah, maka munculnya persaingan antara IBM PC dengan perusahaan Apple Macintosh dalam memperebutkan pasar komputer. Apple Macintosh yang menjadi terkenal karena mampu mempopulerkan sistem grafis pada komputernya, sementara saingannya yang masih menggunakan komputer yang berbasis teks. Perusahaan Macintosh juga mempopulerkan penggunaan perangkat keras mouse.





Seiring dengan menjamurnya dan berkembangnya penggunaan teknologi komputer di tempat kerja, kemudian cara-cara baru untuk menggali potensia yang ada di komputer terus dikembangkan. Dengan bertambah kuatnya suatu komputer mini, komputer-komputer itu bisa dihubungkan secara bersamaan di dalam suatu jaringan (net) untuk saling berbagi memori, perangkat lunak, informasi, dan juga untuk dapat saling berkomunikasi satu dengan yang lainnya dalam satu waktu. Komputer jaringan memungkinkan sebuah komputer dapat membentuk kerjasama elektronik untuk menyelesaikan suatu proses tugas. Dengan menggunakan teknik pengkabelan langsung (sebagai contoh adalah seperti local area network, LAN), atau kabel telepon, kemudian jaringan ini dapat berkembang menjadi jaringan yang sangat besar dan terus berkembang.

Sumber : http://www.jaringankomputer.org/sejarah-komputer-dan-perkembangan-komputer-lengkap/


x